Khi được tin về việc tuyên thánh, chính phủ Việt Nam lên tiếng phản đối vì cho rằng, trong số những người sẽ được tuyên thánh, có nhiều người là tay sai của đế quốc, lót đường cho Pháp đô hộ Việt Nam từ năm 1884. Tuy nhiên, theo quan điểm của phía Công giáo thì họ là những tín hữu đã chết vì lý do tín ngưỡng, họ bị hành quyết bởi bản án do chính tay vua, hay đại diện triều đình thời đó ký nhận. Không có bằng chứng nào cho thấy bản án này có liên quan đến chính trị, ngược lại, chỉ trưng ra lý do duy nhất: các giám mục, linh mục trong số bị kết án vì họ là đạo trưởng (giáo sĩ), các tín hữu (giáo dân) bị kết án vì họ không chịu bỏ đạo Công giáo, không chịu bước qua cây thập giá. Nói cách khác, lý do được công khai tuyên bố có tính cách hoàn toàn tôn giáo.[1]

Hà Nội khi đó nhận định, việc tuyên thánh này sẽ làm cho mối liên lạc giữa chính quyền và Giáo hội Công giáo tại Việt Nam, cũng như mối quan hệ giữa Việt Nam và Vatican thêm căng thẳng. Đài tiếng nói Việt Nam đọc lệnh của chính phủ, cấm người Công giáo cử hành lễ tuyên thánh này. Các Giám mục lẫn giáo dân Việt Nam cũng không được chính quyền cho phép sang Vatican dự lễ. Trong khi đó, khoảng hơn 10 ngàn người Công giáo Việt Nam ở hải ngoại (chủ yếu sau sự kiện thuyền nhân), nhiều người từ Pháp, Tây Ban Nha đã đến Vatican để dự lễ vì trong số người được tuyên thánh có đồng hương và đồng bào của họ[2].

Theo lời Đức Ông Vinh Sơn Trần Ngọc Thụ - cáo thỉnh viên án tuyên thánh này thì: theo thông lệ, khi xin nhật kì tuyên thánh, bao giờ cũng phải dự tính sẵn 3 ngày, để đề phòng trường hợp Tòa Thánh đã có chương trình xếp đặt nào khác thì phải thay đổi theo. Lễ tuyên thánh Việt Nam đã xin vào ngày 29 tháng 6 năm 1988 - trùng lễ kính hai Thánh Phêrô và Phaolô, nhưng người ta khuyến cáo không nên chọn vào ngày đó vì sẽ bị lễ hai Thánh quá lừng danh này lấn át mất. Sau đó có dự tính chuyển sang ngày Chủ nhật 26 tháng 6 nhưng cũng không ổn, vì hôm đó Giáo hoàng phải đi công du bên nước Áo. Chỉ còn ngày Chủ nhật 19 tháng 6, nghĩa là xếp trước cuộc công du của Giáo hoàng một tuần lễ, vì trước và sau ngày đó không còn cách nào khác. Đây là lý do duy nhất và dễ hiểu cho việc chọn ngày lễ tuyên thánh tử đạo Việt Nam là ngày 19 tháng 6, chứ không hề có chuyện nghĩ tới, hay là mảy may muốn kỉ niệm Ngày Quân lực Việt Nam Cộng hòa.[3]